Mislim da su to oba SATA uređaja tako da to nema veze. Neke ploče imaju problema s bootanjem ss SATA optikom. U tom slučaju ćeš morati prebaciti taj kanal na kojem je DVD u legacy (IDE) mode. u pravilu je:
IDE CHANELL 0 MASTER -> IDE master
IDE CHANELL 0 SLAVE -> IDE slave
IDE CHANEL 1 MASTER -> SATA 0
IDE CHANEL 1 SLAVE -> SATA 1
IDE CHANEL 2 MASTER -> SATA 2
IDE CHANEL 2 SLAVE ->SATA 3
IDE CHANEL 3 MASTER -> SATA 4
IDE CHANEL 3 SLAVE ->SATA 5

Na nekim pločama imaš opciju da ti SATA 0-3 bude SATA nativni mod a SATA 4 i 5 IDE emulacija, pa DVD rom radi bez problema, ali ako je disk na SATA 0-3 onda trebaš SATA drivere pri instalaciji XP-a (ukoliko nisu već ubačeni u instalaciju).

P.S. Za bilo što konkretnije napiši točan model matične.