Jel imas XP pro? Ako da, instalacija bi ti u jednom trenutku trebala ponudit "Repair Console" ili slicno.
Ako ne, nabavi bilo koji Linux boot CD i formatiraj odande (valjda se bar malo snalazis u lin ). HINT: dovoljno je samo prebrisati pocetak particije (10-tak sektora je dovoljno).
Ako ni tako ne ide, izvadi disk, stavi u drugi komp i formatiraj na njemu.

Iz Win ne mozes formatirati boot particiju.
Iz DOS-a ne mozes ni pristupiti NTFS particiji (bar ne bez posebnog softvera), tako da nista od toga.