Za aplikacije koje se gase- jedino rješenje je ponovno instaliranje.
Da, za krekirane (ako se nikako neće upaliti) probaj i druge verzije iste aplikacije (neke imaju problema sa JB- om).

Za traku, najvjerojatnije si u BossPrefs ili Winterboardu to isključio (tamo je i postotak).
BossPrefs je instaliran nakon JB- a.
Nakon što u njoj nešto promjeniš- napravi se respring (nešto kao blagi restart) pa se ikone malo "rašire" (i pojavi se onaj kružić)- ali poslije bi se trebale normalno vratiti (mislim, nikada se niti ne premjeste).
Pogledaj ima li nova verzija u Cydii.