Može biti da ti je inbox file corruptan. Thunderbird sve primljene poruke sprema u jedan file koji, ovisno u količini mailova i attachmentima, raste s vremenom.

Neznam kako to da profil nemožeš spremiti
C:\Documents and Settings\user\Application Data\Thunderbird\Profile
Kopiraš cijeli folder Profile.

Probaj za početak skinuti najnoviju verziju TB-a. Samo pregazi preko stare (u isti folder), nećeš izgubiti mailove ni postavke.