Ako se o dos-u radi staviš putanju do izvršne datoteke u autoexec.bat Ukoliko se radi o nekoj windows aplikaciji jednostavno odvučeš shortcut do tog programa u start -> program -> startup folder ili u registriju dodaš novi string value u:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\Curr entVersion\Run]

ime može biti proizvoljno, recimo ime aplikacije, a vrijednost putanja do datoteke...