Nandroid će ti u tom slučaju vratiti /data od predhodnog ROM-a uključujući aplikacije, postavke, sve vezano za >prošli< ROM, a što nije pogodno ako recimo prelaziš sa Sensea na AOSP... Zapravo, taj oblik restoranja uopće nije poželjan osim ako ne prelaziš s jedne verzije ROM-a na noviju verziju >istog< ROM-a. Kao što piše u tutorialu, to nije ciljani backup korisničkih podataka nego dump cijelog NAND-a.
U Titaniumu nije preporučljivo backupirati sistemske aplikacije (označene crvenom i zelenom bojom), ali korisničke aplikacije slobodno možeš backupirati/restorati i app i data. Sistemske aplikacije i data se također mogu restorati ako prelazis između dvije verzije istog ROM-a, ali uz oprez.
Za ovo što njemu treba, kao št si rekao, najbolji mu je Titanium. Za SMS i neke druge stvari probaj i SMS backup and restore i MyBackupPro (call log, bookmarks...).

